As estimativas de emissões e remoções de gases de efeito estufa no nível municipal são um produto em construção.

Os dados municipais, quando agregados a nível do estado ou a nível nacional, podem apresentar algumas diferenças em relação aos dados estaduais e nacionais apresentados na plataforma. Essas diferenças são provenientes de correções realizadas no processo de refinamento de escala do dado espacial, como por exemplo, a correção das diferenças nos limites de municípios com relação aos limites dos estados. Adicionalmente, para os cálculos das emissões de gases de efeito estufa do setor de MUT, são utilizados os mapas anuais da Coleção 5 do MapBiomas, que podem conter possíveis inconsistências no mapeamento das transições.

Para o setor agropecuário a diferença nas estimativas de emissões de GEE entre a Coleção do SEEG Municípios e a 9º Coleção do SEEG (Brasil e Estados) é decorrente de melhorias na estrutura de cálculo das estimativas municipais, como melhor caracterização e alocação das emissões, juntamente com o uso de dados de atividade ajustados para o cálculo das estimativas municipais.  Parte das emissões do subsetor de Solos Manejados não foi alocada para os municípios

No caso dos dados de emissões por processos industriais existe uma parte significativas das emissões que não puderam ser alocadas nos municípios devido a ausência de dados de atividade disponíveis sobre as industrias.